2008年臺灣島內天災不斷，南部大雨、臺風侵襲，地震頻發，損失慘重，僅臺風“海鷗”給臺灣農業造成的損失總金額已高達10.1億元新臺幣，蔬菜、豬肉、水產等價格飆漲。
臺當局行政部門解除前任當局實行了5個月的凍結油價命令，島內的油價、電價也隨之上漲。
受全球金融風暴沖擊，臺灣股市信心潰散，一路下挫，接連破底，9月4日指數接連跌破10年及20年島內最低記錄。臺島失業率上升，“經濟信心指數”、以及對未來的“經濟樂觀指數”同步創下新低。
馬英九當局行政部門積極面對經濟不景氣，選前，馬英九在其經濟政策白皮書中就制定了“六三三計劃”，包括經濟增長率回到6%，4年內失業率降至3%，2016年“國民”所得達到3萬美元等。
在“六三三計劃”的基礎上，馬英九更具體地提出了“愛臺十二項建設”，十二項建設將鎖定臺灣北、中、南三個重點區域，包括北邊的桃園航空城，中部的臺中清泉崗機場與高鐵烏日站，以及高雄的自由港。馬英九還提及將會調整產業結構，發展新的產業，其中將會發展服務業，以創造更多的工作機會。
馬英九當局上臺后，推出短期紓困措施，促進企業發展企業、救股市，也力圖重建經濟體系。
一方面臺行政當局追加了財政預算，通過十大振興經濟方案，計劃投入1809億元新臺幣，并出臺各種措施調整物價，因應工廠關閉和失業潮，推動節能運動，馬英九等領導人帶頭消費刺激經濟，向島內民眾發放消費券等。
除此之外，馬英九的另一項引人關注的措施就是為臺商投資大陸松綁。4月22日馬英九與八名臺灣高科技公司的負責人會談后宣布，在他5月20日開始執政之后，將解除臺灣企業赴大陸投資最多不能超過凈資產40%的規定。他說：“未來要做的，包括對外投資凈值40%上限的松綁，包括兩岸直航，還包括能夠引進高科技人才，以及其它有關投資和稅務方面的改革。”“營利事業所得稅，還有遺贈稅，這些稅率的調整相關問題，會在我們5月20日就任后，‘財政部’盡快地成立賦稅改革委員會，來進行通盤地檢討。”
馬英九當局陸續實施兩岸投資松綁政策，促進兩岸經濟合作，以重振臺灣經濟活力。
