“海基會(huì)”依章程規(guī)定董事會(huì)為基金會(huì)之決策機(jī)構(gòu)，掌理基金籌募、保管及運(yùn)用，秘書(shū)長(zhǎng)任免，工作方針核定，業(yè)務(wù)計(jì)劃及預(yù)算審議等事宜。董事會(huì)設(shè)董事長(zhǎng)一人、副董事長(zhǎng)一至三人。
董事會(huì)每三個(gè)月召開(kāi)會(huì)議一次，由董事長(zhǎng)召集并為主席。目前董事會(huì)為第六屆，董事長(zhǎng)為中國(guó)國(guó)民黨副主席江丙坤，副董事長(zhǎng)為高孔廉、許勝發(fā)、張俊宏。高孔廉并兼任秘書(shū)長(zhǎng)。副秘書(shū)長(zhǎng)為張樹(shù)棣、林淑閔、龐建國(guó)。
歷任董事長(zhǎng)：
辜振甫（1990年－2005年1月3日）
張俊雄（2005年6月10日－2007年5月）
洪奇昌（2007年7月12日－2008年5月20日）
江丙坤（2008年5月26日－）
