第一任“行政院長”唐飛

　　第一任“行政院長”唐飛是李登輝的親信，曾任“空軍總司令”、“參謀總長”和“國防部長”等職。2000年陳水扁上臺后，面臨著軍隊不穩、“朝小野大”、施政困難的局面，他任命唐飛“組閣”借機穩住軍隊，另外唐飛是國民黨人，可營造“全民政府”的假象。不過，民進黨內部對唐飛反彈強烈，認為“自己的江山應該自己坐”，唐飛拒絕停建“核四”遭到民進黨上下圍攻。只做了137天的他被迫以健康為由辭職。

第二任“行政院長”張俊雄

　　接替唐飛的是民進黨資深“立委”、與陳水扁私交甚篤的張俊雄。他的施政能力飽受爭議，宣布停建“核四”電廠后遭到在野黨的猛烈抨擊，甚至引發罷免陳水扁的危機。在此過程中，張俊雄替陳水扁擋了無數子彈，并協助民進黨在2001年“立委”選舉中勝出，穩住了局面。2002年1月，陳水扁為了未來的政治布局，讓張俊雄“內閣”總辭，張俊雄也只做了一年三個月。

第三任“行政院長”游錫堃

　　聲稱要打造“戰斗內閣”的第三任“行政院長”是最聽陳水扁話的游錫堃，不過他的施政能力也是外界公認最差的，有人稱他是“七品的能力做了一品的官”。因為最能貫徹陳水扁的意圖，游錫堃在幾位“行政院長”中任期最長。但經濟遲遲沒有起色，民眾怨聲載道，2004年年底“立委”選舉，泛藍獲得過半席位，民進黨選舉成績不如預期，他被迫于2005年1月黯然下臺。

第四任“行政院長”謝長廷

　　接著上場的是與陳水扁有著強烈心結的原高雄市長謝長廷。他打著“和解共生”的旗號準備大干一場，為參加2008年選舉積累足夠的政治資本。不過，謝長廷緩和朝野關系、兩岸關系的施政目標不僅在島內藍綠高度對立的政治態勢下沒有市場，也不符合陳水扁的“急獨”路線，2005年民進黨“三合一”選舉大敗后，他作為陳水扁的替罪羊于2006年1月下臺。

第五任“行政院長”蘇貞昌

　　第五任“行政院長”是喜歡拿自己的禿頭自嘲的蘇貞昌。上任初期他小心謹慎，很少對外發言。隨著陳水扁家族弊案纏身，蘇貞昌為2008年選舉考慮，開始逐漸與之劃清界限，主張在兩岸經貿政策上走較為務實、開放的“蘇修路線”，同時在倒扁高漲之際提出辭職，結果與陳水扁種下難以化解的心結。中華銀行擠兌風暴出現后，陳水扁終于找到復仇機會，修理蘇貞昌毫不手軟。

第六任“行政院長”張俊雄

　　張俊雄于2007年5月21日回鍋接任“行政院長”一職。臺灣地區第七屆“立委”將于2008年2月1日上任，張“內閣”依“憲政”慣例向臺當局最高領導人提出總辭，原訂日期為1月28日，不料，“立委”選后爆發“新三寶”下臺爭議，謝長廷又丟出“CEO閣揆”說，人事考慮愈變愈復雜。張俊雄1月24日率領行政團隊提出總辭。1月27日，陳水扁辦公室宣布臺當局“行政院長”張俊雄續任。