據臺灣媒體報道，“行政院”組織改造，從國民黨執政，換到民進黨執政，再到國民黨重新執政，前后拖延數十年，總算邁開腳步，但是組織改造過程，卻暴露出機關本位主義，缺乏通盤檢討的問題。勞委會、“衛生署”都因為業務的專業考量，主張將原先的聘雇人員，在改制過程中轉為編制內公務員，因為人事員額暴增，增加財政支出總計超過百億元（新臺幣，下同），這與組織整并的政策目標剛好是背道而馳。
組織改造推動困難，多半因為部會的本位考量各行其是，私下運作各方，通過“立委”牽制“行政院”方面的決策，扭曲組織改造的政策目標。當局推動組織改造，是要精簡人力，降低非必要的人事支出，曾經是百萬大軍的臺防務部門，都砍到剩下20多萬人，但部分機關在裁并過程中，不能思考改造的政策目標，只想保有現有的資源，就會出現越改造人越多，人事負擔越沉重。
“行政院”主其事者沒有能夠拿起政治責任，遏止機關本位主義，才會造成這種機關精簡整并后，編制人員卻更多的怪現象。“行政院”根本就不該對“勞委會”、“衛生署”大開方便之門，破壞的官制官規，不僅違反組織精簡的目標，更是破壞人事政策與法規。
當局有許多業務需要專業人士，無可厚非，但現況許多專業人士無法滿足公務人員的任用資格，也是事實，要解決這個問題，并不是簡單的把編制外人員納編，破壞文官體制的穩定。政府應該思考的是如何改變人事制度，創造一個管道，讓專業人士可以成為公務員，而不是用艱澀的考試，嚇跑專業人才，影響取才。
“銓敘部次長”吳聰成：為了公平正義 非擋不可
組織改造，“銓敘部”統計，光是“勞保局”、“健保局”兩個單位，就各有488人、469人有機會轉任公務人員，一旦順利轉任，近千人未來的月退俸就將讓公庫增加104億元（新臺幣，下同）。“銓敘部次長”吳聰成態度堅決地說“為了公平正義，非擋不可！”
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