日前臺灣大選辯論會，馬英九逼問蔡英文若當選是否要特赦陳水扁的問題。據臺灣《中國時報》報道，對此，人在獄中的陳水扁稱，他要的是“重新審判，還我清白”。扁還提到，他擔任“總統”時，對于馬的特別費、宋楚瑜的興票案，都曾想過特赦他們，“因為冤冤相報，不利臺灣團結”。
扁案議題意外成為“雙英”辯論焦點，陳水扁20日透過扁辦發表的“如果我跟馬英九辯論”一文。他在文中表示，他在獄中全程收看電視辯論，“假如站在馬旁邊的是陳水扁”，他會針對馬英九的很多講法提出不同的看法。其中扁特別提到兩岸議題，指民進黨執政時，兩岸不必“九二共識”，也可逐步完成包機協商，2008年若是民進黨繼續執政，也會達成兩岸直航的目標。
對于馬逼問蔡是否特赦陳水扁問題，扁表示，扁案的本質是“政治的”，從他被下令收押迄今，每次選舉都用得到“扁維拉”（注：李維拉為洋基隊投手，此喻為馬的救援投手），原來4年后的選舉還要當提款機，再被消費一次。扁指出，特赦有兩種，一是有罪放人，一是無罪釋放。他更強調自己要的不是特赦，“我要的是重新審判、還我清白！”
扁更在文中回嗆馬，“蔡主席當選是否要特赦陳水扁”這句大哉問，很快就會改成“‘蔡總統’是否要特赦馬英九？”
