國臺辦發言人馬曉光29日表示：我們注意到這次選舉的結果。希望兩岸同胞珍惜兩岸關系來之不易的成果，共同維護并繼續推動兩岸關系和平發展。
有西方媒體習慣性地將此次國民黨敗選看成是選民對馬英九兩岸政策的“不同意投票”甚至“臺灣與大陸關系的公投”。對此，島內資深評論員趙少康、唐湘龍等人都表示極不贊同，他們在談話節目中表示，兩岸政策還是馬英九執政6年最成功的政策，正是由于馬英九任期內兩岸和解大勢明晰，絕大多數臺灣民眾都認知“兩岸未來不會有戰爭”的前景，不再擔心民進黨執政會主張“臺獨”而引發戰爭。而且這次是地方選舉，既然兩岸經貿不會受到太大影響，那誰執政又有何關系？
正如陳菊在高雄市長任內，同樣重視兩岸交流，柯文哲在一個月前就說，如果他當市長，臺北上海城市論壇還會繼續。洪智坤30日對媒體說：“柯要是當市長，需要拿出讓更多人獲利的兩岸城市交流模式”。
中評社30日分析指出，此次選舉，民進黨沒有強力打“反中”牌，所以這不是臺灣民意關于兩岸關系和平發展與不發展的對決，而且選舉中“統獨”色彩也不強烈，因此也不是一場“統獨”對決，如果上綱上線，把這次選舉扭曲為兩岸關系和平發展的終止符，則是荒唐的。面對慘敗局面，馬英九如何在剩下一年多的任期確保兩岸交流不變，以及帶領藍營沖擊2016年“中央執政”機會，已成馬任內最重大的挑戰。
淡江大學國際事務與戰略研究所所長翁明賢預測稱，正如美國總統奧巴馬在中期選舉失利之后把重點放在APEC、G20和移民政策上，馬英九在選舉失利后將把重點放在兩岸，擴大兩岸交流協議如服貿、貨貿，建立兩岸代表處，如何修改兩岸人民關系條例等攸關“總統”8年任內歷史定位的問題。
蕃薯藤新聞網30日指出，民進黨絕對不要開心得太早，由于這次是地方選舉，“中國議題”相對較容易回避。然而若民進黨要帶著今年勝選的成果進入2016年，勢必要認真思考對大陸路線的明確表態。中評社分析指出，隨著民進黨籍縣市長席次爆增，以及柯文哲狂勝的新形勢，日后兩岸交流的深度與廣度“波動難免”，但兩岸基本大架構不會改變，也沒有改變的條件。民進黨如果因為這次勝選就想在兩岸關系上“放手一搏”，無疑是“呷緊弄破碗”，“任何一位民進黨領導人都不會這么魯莽”。
王建民30日對《環球時報》說，臺海兩岸日益密切的經貿往來對臺灣非常重要，無論誰執政，這都是不可否認的事實。絕大多數臺灣民眾對與大陸簽訂各種經貿協議和民間交往持積極態度，只是對執政黨感到不滿。因此，“臺灣執政黨的執政能力有待提升”。
臺灣《工商時報》30日社論指出，民進黨成為臺灣地方政權的領頭者，對兩岸和平發展的責任已無法置之度外。“畢竟，兩岸關系的和平發展，應是臺灣當前最大的利益基礎;這個道理，無論哪個政黨執政都無法否定。”
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