29日下午2點，臺北地方法院第三次開庭，審理陳水扁是否羈押，審判長蔡守訓等3名法官組成合議庭進行了審理。

　　審判長蔡守訓、受命法官徐千惠、陪審法官吳定亞共同審理。庭訊一開始，陳水扁委任律師鄭文龍就提出臺北地方法院臨時更換法官，不符合審理程序，因此要求3位法官回避，停止開庭。但檢察官認為，按規定，必須認定法官有偏頗才要回避，而且就算有偏頗，也不需要立刻停止訴訟程序。因此，庭訊正常進行。

　　另外由于陳水扁委任律師之一的鄭勝助在開庭10分鐘仍未到庭，法官裁定休息十分鐘，而鄭勝助在遲到41分鐘后現身。

　　庭上，在律師發言之后，陳水扁開始滔滔不絕地為自己辯護，對四大弊案一一作出陳述。他宣稱自己是無罪的，從來沒有收過紅包。他還批評檢方的起訴書有多處矛盾，并稱"起訴書對我而言是人格謀殺"。而檢方則反駁這次開庭主要是討論要不要羈押，而不是討論具體案情。

　　此次開庭從下午2點開始到下午6點多，庭訊還沒有結束。由于此次是臺北地方法院第三次審理陳水扁是否羈押，所以引發島內高度關注。臺灣各大媒體派員進行現場直播報道。有一些陳水扁支持者到場挺扁，也有一些民眾因為想要鬧場而被警方強行帶離。臺灣警政部門出動了數百名警察到臺北地方法院維持治安。